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ceRNA综合性预测数据库:LncACTdb

介绍一个关于预测lncRNA的ceRNA功能的数据库 (简单来说ceRNA的话,就是lncRNA-miRNA-mRNA三个互相竞争影响的情况):

LncACTdb 3.0 : Home: 

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncACTdb/index.html 

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背景数据集介绍

LncACTdb当中的ceRNA预测的数据主要来自于两个方面。一个是基于之前发表的文献总结的试验性的数据。另外一部分则是基于高通量测序预测的数据。其高通量的结果主要使用还是TCGA以及一部分GEO的数据。利用以上两种数据最终构建了这个数据库



数据库使用

LncACTdb可以直接搜索想要研究的基因,这里可以输入: mRNA、miRNA或者lncRNA。比如我们想要查看关于TP53相关的ceRNA网络。

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经过输入就可以看到和TP53有关的信息的汇总,其中就包括:预测的ceRNA结果;具有实验支持的ceRNA结果;和TP53有关的标志物以及TP53的细胞定位结果。

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其中在预测结果当中,首先可以看到在各个组织当中预测的TP53 ceRNA的结果图。进一步选择想要研究的组织即可。比如我们想要看乳腺的结果。

微信截图_20220315150024.png

点击之后就可以看到具体的ceRNA的表格结果了。除了基本的表格之外,还可以点击后面查看详细的信息。比如想要查看查看涉及到的lncRNA, miRNA以及TP53预后分析的结果。除了生存,还可以对查询的基因进行功能分析,泛癌分析等等。


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